Денес, со Светиот Архиерејски Синод на Македонската Православна Црква претседава Неговото Блаженство, Архиепископот Охридски и Македонски г.г. Стефан. Останатите членови на Синодот се:
- Митрополит Полошко-кумановски г. Кирил
- Митрополит Преспанско-пелагониски
и Aдминистратор Австралиско-новозеландски г. Петар
- Митрополит Дебарско-кичевски и Плаошки г. Тимотеј
- Митрополит Струмички г. Наум
- Митрополит Повардарски г. Агатангел
- Митрополит Американско-канадски г. Методиј (хиротонија: 21. 06. 2005)
- Митрополит Европски г. Пимен
(хиротонија: 2. 10. 2005)
- Митрополит Брегалнички г. Иларион (хиротонија: 13. 07. 2006)
- Викарен Епископ Хераклејски г. Климент (хиротонија: 12. 07. 2005)
- Митрополит г. Горазд, поранешен Митрополит на Европската епархија
ЕПАРХИИ на МПЦ на територијата на Р. Македонија и во дијаспората:
1. Скопска епархија, возглавена од Неговото Блаженство, архиепископот г. г. Стефан;2. Полошко-кумановска епархија, возглавена од Високопреосветениот Митрополит г. Кирил;
3. Дебарско-кичевска епархија, возглавена од Високопреосветениот Митрополит г. Тимотеј;
4. Преспанско-пелагониска епархија, возглавена од Високопреосветениот Митрополит г. Петар;
5. Струмичка епархија, возглавена од Високопреосветениот Митрополит г. Наум;
6. Повардарска епархија, возглавена од Високопреосветениот Митрополит г. Агатангел;
7. Брегалничка епархија, возглавена од Високопреосветениот Митрополит г. Иларион;
8. Американско-канадска епархија, возглавена од Високопреосветениот Митрополит г. Методиј;
9. Европска епархија, возглавена од Високопреосветениот Митрополит г. Пимен;
10. Австралиско-новозеландска епархија, чиј администратор е Митрополитот Преспанско-пелагониски г. Петар
Со 13-те епархии на МПЦ управуваат десет Епископи на кои моментално им помагаат околу 600 активни свештеници во околу 500 парохии со повеќе од 2000 цркви и манастири. Надвор од границите на Р. Македонија МПЦ пастирски дејствува во 6 епархии во дијаспората. Во околу дваесетина живи манастири под јурисдикција на МПЦ над 100 монаси и монахињи во молитва и монашки подвиг го чуваат живото светоотечко Предание.
Продолжувајќи ја просветителската мисија на Охридската Свети Климентова школа, согласно современите текови на теолошките науки, во апостолски дух, средното богословско училиште „Св. Климент Охридски“ и богословскиот факултет „Св. Климент Охридски“ во рамките на Македонската Православна Црква, секоја година обучуваат млади теолози, учители по веронаука и свештеници.
